首先申明我的观点：“现代医学”是在“古医学”的基础上不断完善发展起来的，是对“古医学”的批判继承而不是颠覆。
我们尽量以西医和中医发展年代对应的方法来阐述。
西医的发展才几百年，那在西医出现以前西方人究竟用什么方法来治疗疾病呢，为什么会出现西医这种完全基于化学的医学令人百思不得其解。
提到西医就不得不提到解剖学，西医，最早可以追溯到古埃及时代，由于制作木乃伊，处理尸体的同时产生了解剖知识。解剖学，属于基础医学知识，原则上属于生物学研究范围。
古埃及的医生和巫师是不分的，而中国起码追溯到西周，医生就是一个单独的职业，“医师”这个词，是官名，西周时医师负责考核医生，统计医生治愈治死人的记录。
到了相当于我国春秋战国时代的古希腊时期，西方医巫分家，医生和木匠一样成为职业。相当于扁鹊的同时代人，出现一个有名的医生，叫希波克拉底。他出名的是写了一个《誓言》，其“救死扶伤”的医德规范对几千年西方医学影响甚大。在基础医学上，他提出“体液说”，现在心理学等仍然沿用这种学说。
到了古罗马，大约东汉、三国的华佗同时，又出现了一个叫盖伦的医生，他一生写了131部著作，其中《论解剖过程》、《论身体各部器官功能》两书阐述了他自己在人体解剖生理上的许多发现，作为信条垄断了西方医学1500年之久。他提出临床要以解剖学和生理学知识为基础，这个典定了西方医学的发展途径，同时还给出了人体构造，1500年里几乎没有人怀疑他讲的构造对不对。盖伦还提出了气质这一概念，用气质代替了希波克拉底体液理论中的人格，形成了4种气质学说，此分类方式一直在心理学中沿用至现代。在药物学上他在药物学著作中记载了植物药540种，动物药物180中种，矿物药物100种，奠定了西药的基础。
封建社会中西方在医学上的发展走过不同的道路，西方封建社会被神学垄断，医学发展几乎停滞，而中国的封建社会是发达的，诸子百家兴起，带动了包括医学的发展。
中国医学重视临床，“神农尝百草”，从植物、矿物中寻找治病的药物，因此药学发达，疗效明显。在化学工业还没有发展起来的的时代，中药发展明显优于西药。在临床医学上，中医更注重对人这个生命活体的研究，不是囿于西医对尸体的解剖，因而发现了经络现象，发明了针灸推拿疗法，进而发明了人体经络图。此经络图至今仍然成为各国科学家研究的对象，并不断有各种解释、学说出现。
到了相当于我国明朝的文艺复兴时期，西方神学统治才被打破，也带来了西方医学的快速发展。人们实际解剖尸体，而不是根据动物去想象人体，打破了盖伦的信条，解剖学有了很大的进步，慢慢接近中国的解剖学水平。同时摆脱了笼统的“体液学说”，接受了机械唯物主义的观点，作为哲学基石，单独分块地研究疾病原理，头痛医头脚痛医脚，因此认识越来越精，进展很快。中国的解剖学水平保持领先到清朝初年，后来被西方医学超越。
文艺复兴以后，西方近代医学里手术学奠基完成，各种器械发明完成，至今变化不大，“现代医学手段”中极大部分沿用了那时的发明。
工业革命以后，化学工业有了发展，为西医提供了化学药物。解剖学、生理学、化学药物、手术，这一切，典定了西医的大局，从此步入了“现代医学”时代。后期的发展，就是化学药物越来越多，解剖越来越细。在大部分疾病的临床治疗上，取得了很好的成效。
纵观古医学到现代医学的发展，证明了这样一个辩证唯物主义观点：任何学科的科学发展是“实践——认识——再实践——再认识...”的过程。而这个实践的检验的内涵就是“有效”。
中医与西医的发展过程，我认为其实也体现了中西文化的特点。
西方文化是微观文化，整个西方的科学其实是从细节出发逐步形成物理、化学、数学等自然学科，甚至西方的文字都是由字母元素构成的。而中国的文化却是由宏观发展而来，不论是文学、文字、还是科学。
具体到医学，西方发明了显微镜，发现了微生物，生产出抗生素。带来了人类近代最重大的一次医学进步，大大提高了人类平均寿命。但是这种“微观学”的进步，也同时带来了大自然的报复。这就给以讲求“天人合一”的宏观的中医，带来了新的生机。
其实中医的发展，也不可避免的带有神学的痕迹。由于中华文化在神学上没有一个统一的具体的偶像（玉皇大帝？释迦牟尼？土地爷？观音菩萨？不似有耶稣、穆罕默德等统一膜拜的对象），因而在对医学这个自然科学的‘神学笼罩’，就更加混乱和扑朔迷离。各种奇怪的解释和巫师巫婆添枝加叶，使得清末以后渐渐接受“新文化”的人们对其嗤之以鼻。
但是泼脏水不能连孩子也一起扔了。中医理论包括其基础理论的“经络理论”并不因为乱七八糟的‘神学笼罩’就一起变为糟粕。真正的科学方法，真正的“现代科学”我认为应该是中西医结合取长补短，发扬吸收西医的精华、去其糟粕，发扬吸收中医的精华、去其糟粕，为更好更“有效”的解除人类病痛不断地“实践——认识——再实践——再认识...”。科学没有止境，医学没有止境。如果一定要找出一个“绝对真理”的话，那就是“真理是在不断发展的，没有终极真理”。
任何的“现代科学”（包括现代医学）过若干年之后都会变成没落的、腐朽的科学，但是就如不能因为小时候曾经尿过炕就否认、嘲笑自己也有过孩提时代，应该正确的对待、看待相对于我们现在的“古医学”。
参考文章：【从玄幻文学到西医的发展史】